Recibe su nombre de la Isla de Mallorca del Archipiélago Balear donde se originó. Procede de la variante meridional de los primitivos caballos de la Península Ibérica, existiendo referencias a la raza desde antiguo. Muy asociada a labores agrícolas, donde además destacaba por su producción mulatera, utilizándose, en menor medida para el tiro de carruajes pequeños. Las yeguadas donde se criaban se localizaban tradicionalmente anexas a la explotación agrícola. Con la mecanización del medio rural sufrió una importante regresión en su censo. El Patronato para las Razas Autóctonas de Mallorca (PRMA) inició, en 1985, un proceso de localización de los caballos de la raza Mallorquina, continuando con el proceso de su cría y selección.
El Catálogo Oficial de Razas de Ganado de España incluye a la raza equina Mallorquina en el listado de razas autóctonas amenazadas.