Su nombre se debe a la región geográfica de la cual procede, Navarra, y a su morfología, Jaca por tratarse de caballos con alzada a la cruz inferior a 147 cm. Antiguamente también recibía el nombre de jaca de montaña o raza de Pamplona o pamplonica.
Originada a partir de la población primitiva de caballos de la Península Ibérica con una leve influencia de los ponis celtas de procedencia europea. Su época de mayor crecimiento se correspondió con el momento en el que se regalaba una yegua navarra a los nuevos agricultores que se asentaban el la zona.
La mecanización del medio rural y los cruces con razas de tiro mermaron drásticamente su censo, siendo a finales del siglo pasado cuando se iniciaron las labores de recuperación, cría y selección de la raza.
El Catálogo Oficial de Razas de Ganado de España incluye a la raza Jaca Navarra en el listado de razas autóctonas amenazadas.