Recibe su nombre de la comarca de Burguete, situada en la Comunidad Foral de Navarra, donde se originó. Surge del cruce entre las poblaciones equinas autóctonas (Jaca Navarra) con sementales de razas foráneas, como el Trait, el Postier Bretón, el Percherón, el Ardanés y el Contois, introducidos con el objetivo de dar mayor conformación a la población local, obteniéndose como resultado animales con más características morfológicas muy definidas.
Sus hembras se caracterizaban por su aptitud materna, aprovechándolas en cruces para la producción mulatera o con razas foráneas de mayor conformación y crecimiento para la producción de carne.
El Catálogo Oficial de Razas de Ganado de España incluye a la raza equina Burguete en el listado de razas autóctonas amenazadas.